完全無料通話到来、KDDIがスマートフォン向け「Skype au」の利用料金や提供時期を正式発表 - GIGAZINE

国内の固定・携帯への電話についてはau料金的用途のこと。当然ですね。

一番影響の大きいのは、海外への通話料金にSkype料金が適用されるというところでしょうか。
音質にそう違いはないと思うので実質的に国際通信の料金値下げとなっている気がします。